Come avviene per una infinità di erbe aromatiche, spezie, cereali o verdure, il pepe contiene sostanze potenzialmente tossiche, ma in realtà innoque alle dosi consumate in una normale alimentazione. Per esempio alcuni terpeni (limonene, pinene, linalolo, filadendrone) del pepe (ma contenuti anche in altre spezie!) sono potenzialmente cancerogeni.

L'alcaloide piperidina può aumentare i livelli attivi di farmaci che è necessario monitorare attentamente quali l'antiasmatico teofillina e l'antiepilettico fenitoina, ma ovviamente si tratta di indicazioni che non interessano un soggetto sano che mai prenderà questi farmaci, sarà il medico che prescrive questi farmaci ad informare il paziente. Infine, il pepe nero o bianco stimolano la secrezione gastrica (anche questa caratteristica è comune a molte spezie), e quindi è controindicato, insieme a tutte le altre spezie dotate di questa caratteristica, a chi soffre di ulcera o gastrite.

Attenzione però a chi pratica sport professionistici perché il pepe a differenza del peperoncino contiene alcaloide una sostanza che aumenta il battito cardiaco e quindi considerato doping da molte federazioni.

Stesso discorso anche per i cardiopatici che come sicuramente già sapranno e meglio stare alla larga da questa sostanza anche se in piccola quantità.

D'altro canto anche il nostrano peperoncino, spesso imputato di effetti quasi taumaturgici dai promotori del loro consumo, è capace di ustionare cavo orale e mucosa gastrica ed indurre degenerazione dei neuroni degli organi di senso portando a una graduale perdita di sensibilità del gusto.  L'inalazione impropria di polvere di peperoncino può risultare letale per grave anossia ed arresto respiratorio.

In parole povere vale sempre il principio che in alimentazione tutto può risultare tossico, anche l'acqua: è soltanto questione di dose....

Da ricordare che tutte le spezie assunte frequentemente portano lentamente ad una perdita del gusto e quindi consigliato variare vari tipi ti spezie per non commettere  l'errore di ingerirne  grandi quantità e causare danni al nostro organismo…