 Il diritto al governo della Chiesa fu rivendicato dai vescovi di Roma, tra i pericoli e le persecuzioni, in nome dei privilegi personali dell'apostolo Pietro, i cui successori agirono in modo che la loro autorità si perpetuasse, secondo la parola di Gesù Cristo, «fino alla consumazione dei secoli». Dopo il martirio di San Pietro, vediamo i successori dell'apostolo intervenire innumerevoli volte come arbitri, per pacificare i dissensi fra le diverse Chiese locali. Così San Clemente, nelle divisioni della Chiesa di Corinto, San Vittore nella questione della data della festa di Pasqua, dibattuta fra le Chiese d'Oriente d'Occidente, Santo Stefano nella questione del battesimo degli eretici ecc., ecc.
 Stabilita tale supremazia sulla supremazia stessa di Pietro, tre circostanze contribuirono a consolidarla: anzitutto l'importanza politica e morale della città di Roma; poi i meriti de' suoi vescovi, o papi, 28 dei quali, nei primi tre secoli della Chiesa, subirono il martirio e perciò furono santificati, ed infine e soprattutto la bontà fondamentale della loro dottrina. In pratica, la supremazia di giurisdizione si affermò come supremazia di dottrina, e tale affermazione fu resa più facile dal concorso degli imperatori.
Infatti, nella lotta contro le grandi eresie che seguì il riconoscimento della Chiesa da parte di Costantino, i papi si sforzarono di tenere il primo posto, sia denunciando l'errore, sia provocando, poi confermando e facendo eseguire le decisioni dei Concilii.
Il concilio di Nicea (325) dichiarò il vescovo di Roma dotato di una supremazia perpetua; il concilio di Efeso (431) proclamò il pontefice romano «principe, testa, colonna della fede, fondamento della Chiesa, detentore, per volere di Gesù Cristo, delle chiavi del regno celeste». D'altra parte, nel 455, l'imperatore Valentiniano III, approvando le rivendicazioni precise ed energiche di Innocenzo I e di Leone il Grande, pubblicò un editto che sottolineava assolutamente al vescovo di Roma tutti i vescovi del suo impero.
A dire il vero, l'esercizio di questo primato fu più profondo e durevole in Occidente che non in Oriente. Ragioni molteplici dovute insieme alla lingua aIla politica, ai costumi, allontanano a poco a poco dal papato la Chiesa d'Oriente. Lo scisma scoppierà con Fozio (867). Ma in Occidente l'opera del papato continua, tendendo ad allargare all'esterno il campo d'azione della Chiesa e ad organizzare questa internamente.
I papi sono testimoni del battesimo dei Franchi (496), dei Burgondi (517) e degli Svevi (551). San Gregorio Magno accolse nella Chiesa i Visigoti di Spagna (590) e i Longobardi (591), e mandò missionari agli Anglosassoni (595-597). La conversione della Frisia e della Germania fu opera di Sergio I e di San Gregorio II (690-7l9).
A metà dell'VIII secoIo, San Bonifacio, in nome del papato, evangelizza la Germania, creandovi un episcopato disciplinato e dipendente da Roma. Poi, l'avvento dell'impero carolingio reca al papato un nuovo concorso. ll papa Zaccaria riconosce come re Pipino il Breve; San Leone III incorona imperatore Carlo Magno. A loro volta, i Carolingi permettono la costituzione di uno Stato pontificio, ed aggiungono ai vasti domini che i papi, che fin dal secolo IV, avevano ricevuto dagli imperatori, la donazione autentica di Roma, di Ravenna e della Pentapoli (741-774), e sopratutto liberano la santa sede dal dominio dei Longobardi.
Infine, Carlo Magno e i suoi successori assecondano l'opera d'organizzazione della Chiesa: Carlo il Calvo, nell'877, accetta i canoni del concilio di Ravenna decidendo che l'investitura dei metropolitani debba essere approvata dal papa. Il papa è ormai veramente, di fatto e senza contestazioni , il capo della Chiesa, al quale è riservato il diritto di convocare concilii, di omologare le loro deliberazioni, di giudicare e destituire i vescovi. Nel 1049, il concilio di Reims, presieduto da Leone IX, dichiara il vescovo di Roma primo apostolico della Chiesa universale.
Nel XII secolo, il papato può quindi figurare in Occidente come una potenza religiosa, morale e politica di prim'ordine. Nicola II l'ha liberata dalla protezione imperiale, che col pretesto di difenderla contro la turbolenza degl'italiani, aveva per un momento, alla fine del IX secolo, manifestata la tendenza ad asservirla. San Gregorio VII, a sua volta, proclama la superiorità del potere spirituale, riforma i costumi del clero, ristabilendo nel suo rigore primitivo il celibato ecclesiastico, e forma il sogno grandioso di un'Europa cattolica federata sotto la croce di San Pietro.
Questo sogno vien realizzato, nei limiti del possibile, dal grande sforzo compiuto dalla comunità cristiana con le Crociate. Innocenzo III, Gregorio IX, Innocenzo IV, riprendono con ancor maggiore energia le vedute di Gregorio VII, fino a provocare un conflitto con gl'imperatori di Germania; conflitto pericoloso, dal quale il potere spirituale del papato esce intatto, mentre altrettanto non avviene del suo prestigio politico.
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